当館は1997年6月マレーシア国立サバ大学と学術交流協定をむすび、以来「ひとはく・サバ大学共生博物学研究事業」としてボルネオ島熱帯雨林での学術調査、研究成果に基づく展示などの博物館活動、ボルネオジャングル体験スクールなどの環境教育プログラム、海外開発援助（ODA）事業への協力など幅広い国際交流活動を続けています。